Grundprinzipien der Antigenpeptidauswahl

Um die besten Ergebnisse bei der Produktion von Antikörpern zu erzielen, ist es notwendig, das Antigenpeptid sorgfältig zu entwerfen.
Das Design sollte eine Grundvoraussetzung erfüllen: Während des Immunisierungsprozesses wird das Antigen keine übermäßige Immunantwort hervorrufen, aber gleichzeitig kann es Antikörper produzieren, die die Fähigkeit haben, an das gewünschte Protein zu binden.
Obwohl das Antigen-Design ein sehr komplexes Thema ist, bei dem viele Details beachtet werden müssen, können wir Ihnen aufgrund unserer gesammelten Erfahrung einige wichtige Grundprinzipien des Designs als Referenz zur Verfügung stellen:

Wenn man ein neues Forschungsprojekt startet, ist es notwendig, einige grundlegende Eigenschaften des Proteins von Interesse zu klären, insbesondere wenn die Kenntnis der Struktur des Proteins eine große Hilfe bei der Auswahl von Erkennungsregionen ist, auf die der Antikörper leicht zugreifen und die er erkennen kann. Da jedoch solche präzisen Strukturinformationen fehlen (was meistens der Fall ist), beeinflusst das Verständnis des Zwecks der Studie die Strategie für das Peptiddesign. Zum Beispiel: Wenn der Forschungsschwerpunkt auf verschiedenen Regionen des Proteins liegt, z. B. dem C-Terminus oder dem N-Ende, oder auf dem Protein in einem bestimmten Zustand, z. B. Phosphorylierung usw., sollten das gemäß der erforderlichen Sequenz entworfene Polypeptid und der entsprechende generierte Antikörper keine großen Schwierigkeiten bei der Anwendung haben. Die Konformation des Proteins beeinflusst jedoch die Wechselwirkung zwischen dem Antikörper und seiner Erkennungsregion. Ein mögliches Problem in dieser Situation besteht darin, dass der Antikörper keinen Zugang zu dieser Region haben kann, wenn im gefalteten Protein die Erkennungsregion im Protein verborgen ist. (Kann nicht interagieren).

Im Allgemeinen sollte die idealste Antigenerkennungsregion hydrophil sein, sich auf der Proteinoberfläche befinden und strukturell verformbar sein. Denn in den meisten natürlichen Umgebungen sind hydrophile Regionen tendenziell auf der Proteinoberfläche konzentriert, während hydrophobe Regionen oft im Inneren des Proteins eingeschlossen sind. Aus dem gleichen Grund können Antikörper nur mit Erkennungsregionen interagieren, die sich auf der Proteinoberfläche befinden. Wenn diese Erkennungsregionen über eine ausreichende strukturelle Verformbarkeit verfügen, um sich an Positionen zu bewegen, an denen der Antikörper Kontakt aufnehmen kann, haben sie eine hohe Affinität zum Antikörper.

Eine kontinuierliche Region bezieht sich auf eine Erkennungsregion, die aus kontinuierlichen Aminosäuresequenzen besteht. Die meisten Antikörper richten sich gegen kontinuierliche Erkennungsregionen. Die Fähigkeit von Antikörpern, mit hoher Affinität an solche Regionen zu binden, weist darauf hin, dass sich diese Sequenz nicht innerhalb des Proteins befindet. Die diskontinuierliche Erkennungsregion stellt eine Polypeptidsequenz mit einer bestimmten Faltung dar oder die Erkennungsregion eines Antikörpers, der zwei separate Polypeptide miteinander verbindet. In einigen Fällen können auch Antikörper gegen solche diskontinuierlichen Erkennungsregionen hergestellt werden, aber das zur Immunisierung verwendete Antigenpolypeptid muss eine der diskontinuierlichen Erkennungsregion ähnliche Sekundärstruktur aufweisen und die Länge der Sequenz muss entsprechende Anforderungen erfüllen.

Um das Risiko zu vermeiden, dass die Erkennungsregion im Inneren des Proteins verborgen bleibt, empfehlen wir normalerweise die Auswahl eines N, C entsprechenden Antikörpers, der an beiden Enden produziert wird. Denn in intakten Proteinen sind N, C beide Enden normalerweise auf der Proteinoberfläche freigelegt. Es ist jedoch wichtig zu beachten, dass das C-Ende von Membranproteinen zu hydrophob ist und nicht als Antigen geeignet ist.

Im Allgemeinen empfehlen wir, dass die Sequenzlänge des Antigen-Polypeptids zwischen 8-20 Aminosäureresten liegt. Ist sie zu kurz, besteht die Gefahr, dass das Peptid zu speziell ist und die Affinität (Bindungsfähigkeit) zwischen dem produzierten Antikörper und dem natürlichen Protein nicht stark genug ist. Wenn die Sequenzlänge 20 überschreitet, ist es ebenfalls möglich, Sekundärstrukturen einzuführen und die produzierten Antikörper können an Spezifität verlieren. Darüber hinaus ist die Synthese umso schwieriger, je länger die Peptidkette ist, was es schwieriger macht, hochreine Produkte zu erhalten.

Grundprinzipien: Fügen Sie das Trägerprotein an das Ende hinzu, das weit von der Antikörpererkennungsregion entfernt ist und nicht in der Sequenz enthalten ist. Cys Im Fall von N- oder C-Ende plus Cys Die bevorzugte Methode zur Vernetzung.

MacVecfor TM; DAN star TM; PC-Gene TM